El primer tránsito completo por el Canal de Panamá realizado por un buque automotor de altamar se realizó el 7 de enero de 1914. La Alexander La Valley, una vieja grúa flotante de los franceses que había sido traída anteriormente desde el lado Atlántico, cruzó las esclusas del Pacífico.
Al aproximarse el final de la construcción, el equipo del Canal comenzó a separarse y a encargarse de otras cosas. Miles de trabajadores perdieron sus empleos, muchos poblados fueron abandonados y trasladados y miles de edificios fueron desarmados o demolidos. Gorgas renunció a la Comisión del Canal para ayudar a combatir la neumonía entre los trabajadores en las minas de oro en Sudáfrica, después de lo cual fue ascendido como inspector general de sanidad del Ejército. A partir del 1 de abril de 1914, la Comisión del Canal Ístmico dejó de existir y una nueva entidad administradora, el Gobernador de la Zona del Canal, fue establecida oficialmente. El Coronel Goethals se convirtió en el primer Gobernador del Canal de Panamá, confirmado por unanimidad por el Senado.